Scurt istoric
Istoria Muzeului începe în anul 1889, când Zemstva Basarabiei a organizat Expoziţia Agricolă şi Industrială, care a şi stat la baza fondării instituţiei muzeale.
Este cel mai Vechi Muzeu din Republica Moldova. Fondat ca Muzeu Agricol, pe parcursul existenţei sale şi-a lărgit treptat domeniul de activitate, creînd colecţii ce reflectă istoria naturală, natura contemporană, evoluţia societăţii umane şi cultura tradiţională de pe teritoriul Basarabiei iar mai tîrziu a Republicii Moldova.
În prezent deţine un patrimoniu de circa 135 mii de piese. A creat numeroase expoziţii care au pus în valoare lumea animală şi vegetală, bogăţiile naturale ale ţinutului, au reflectat îndeletnicirile populaţiei. Piese din colecţiile muzeului au fost prezentate la diferite expoziţii organizate în multe ţări din Europa, Asia, America şi Africa.
Expoziţia permanentă
activează cu genericul „Natura. Omul. Cultura” cu o suprafaţă de 2000 m2 dezvălue evoluţia corelaţiei Om-Natură la diferite etape ale dezvoltării societăţii, evoluţia lumii organice, dinamica utilizării resurselor naturale, sinteza creatoare Om-Natură, situaţia ecologică din Republica Moldova şi căile de ameliorare a ei.
Muzeul dispune de o Sală de Expoziţii temporare în care se etalează diverse expoziţii atît din patrimoniul propriu, cît şi din alte muzee. Au devenit tradiţionale expoziţiile de artizanat ale meşterilor populari care se organizează în fiecare an.
Pe teritoriul muzeului se găseşte o Grădină Botanică, ce întruneşte cele mai răspândite specii de plante, arbori şi arbuşi de pe teritoriul Republicii Moldova. În cadrul Grădinii Botanice a fost organizat un Vivariu cu expoziţii permanente de păsări rare, exotice şi decorative, reptile şi peşti.
Fiind primul muzeu din ţară a contribuit la crearea reţelei muzeale şi a şcolii naţionale de muzeologie. În prezent activează în direcţia organizării muzeului în aer liber de arhitectură populară-Muzeul Satului. Ca filiale a muzeului sunt Complexele Muzeale „Conacul Balioz” din s. Ivancea, Orhei, Vila cu Parc Mândâc din r-nul Drochia, şi Ţîpova-Saharna din r-nul Rezina.
În cadrul muzeului se desfășoară periodic manifestări folclorice, concursuri și festivaluri naționale și internaționale, punând în valoare creații populare culese din toate zonele republicii.
Complexul arhitectural-istoric al muzeului s-a construit în a doua jumătate a sec. al XIX-lea –începutul sec.al XX-lea şi este amplasat între străzile M. Kogălniceanu-A.Şciusev, M. Cibotari-Sfatul Ţării. Clădirea principală a fost construită special pentru muzeu în anii 1903-1905 după proiectul arhitectului Vl.Ţîganco. Edificiile muzeului sunt monumente de arhitectură de importanţă naţională.
În anul 2005 Muzeul a fost reorganizat în instituţie din domeniul ştiinţei şi inovării. Cercetătorii instituţiei au elaborat numeroase lucrări ştiinţifice, dintre care o bună parte au fost publicate în Buletinul Ştiinţific - publicaţie periodică a muzeului,ce apare din 1926, avînd din 2005 statutul de Revistă de Etnografie, Ştiinţele Naturii şi Muzeologie. Muzeul dispune de o valoroasă bibliotecă ştiinţifică, ce deţine peste 41500 de volume inclusiv o importantă colecţie de carte rară.